কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, খুলনা জাতীয় রাজস্ব বোর্ডের অধীন বৃহত্তর এলাকাধীন একটি কমিশনারেট। ১৯৯২ সালে শুল্ক ও আবগারী, খুলনা কালেক্টরেট ভেঙ্গে কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, খুলনা সৃষ্টি হয়। পরবর্তীতে ২০১১ সালের ২০ ডিসেম্বর মূসক বিভাগের প্রশাসনিক বিভাজনের ফলে কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, খুলনা পুনর্গঠিত হয়। এ কমিশনারেট পুনর্গঠিত হওয়ার পর হতে সুনামের সাথে রাজস্ব আদায়ের কাজ করে যাচ্ছে। খুলনা শহরের খালিশপুর শিল্প এলাকায় নিজস্ব ভবনে এ দপ্তরের অবস্থান। খুলনা কাস্টমস্ কমিশনারেটের অধীনে রয়েছেঃ
১. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, খুলনা; ২. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, সাতক্ষীরা; ৩. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, পিরোজপুর; ৪. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, মাদারীপুর; ৫. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, শরিয়তপুর; ৬. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, পটুয়াখালী; ৭. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, বরিশাল; ৮. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, ভোলা; ৯. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, ঝালকাঠি; ১০. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, বরগুনা; ১১. কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, বাগেরহাট; ১২. এলসি স্টেশন, ভোমরা; ১৩. পায়রা কাস্টম হাউস; ১৪. আংটিহারা এলসি স্টেশন, আংটিহারা, কয়রা, খুলনা
খুলনা কমিশনারেটে বর্তমানে কমিশনার হিসেবে দায়িত্ব পালন করছেন সৈয়দ আতিকুর রহমান। তিনি ২১ বিসিএস-এর একজন কর্মকর্তা। পড়াশুনা করেছেন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের একাউন্টিং বিভাগে।
খুলনা কমিশনারেটের অধীনে মোট কর্মকর্তা কর্মচারীর সংখ্যা ৮৪৯ জন।
