১৯৭১ সালে এই ভূখণ্ডে সংগঠিত হয় নারকীয় গণহত্যা। পাকিস্তানী সেনাবাহিনী এবং তাদের এ দেশীয় দোসরদের দ্বারা ভয়ঙ্কর গণহত্যা সংগঠিত হয়। ১৯৭১ সালে যুদ্ধের প্রেক্ষাপটে সংগঠিত পরিকল্পিত গণহত্যার ওপর সুসংগঠিতভাবে এ যাবত কোনো কাজ হয়নি।
বিশিষ্ট ইতিহাসবিদ অধ্যাপক মুনতাসীর মামুনের নেতৃত্বে ২০১৪ সালের ১৭ মে খুলনা নগরীর ৩৩৪ নম্বর শেরে বাংলা রোডের ময়লাপোতা মোড়ে একটি ভাড়া বাড়িতে শুরু হয় গণহত্যা জাদুঘর। খুলনায় স্থাপিত হলেও এটি কোনো আঞ্চলিক জাদুঘর নয়। বাংলাদেশের একমাত্র গণহত্যা জাদুঘরটি খুলনায় স্থাপন করার কারণ হচ্ছে খুলনার চুকনগরেই সবচেয়ে বড় ও নৃশংস গণহত্যা চালিয়েছিলো পাকিস্তানি বাহিনী ও তাদের এ দেশীয় দোসররা।
জাদুঘর সারাবছর কোনো না কোনো কর্মসূচীর মাধ্যমে মানুষের কাছে ১৯৭১-এর সঠিক ইতিহাস পৌঁছে দেওয়ার চেষ্টা করছে। গণহত্যা জাদুঘরের উদ্যোগে বর্তমানে চলছে দেশের প্রতিটি জেলায় গণহত্যা, বধ্যভূমি ও গণকবর জরিপের কাজ। পাশাপাশি বড় বড় গণহত্যা কেন্দ্রগুলোর ওপর পৃথক বই রচিত হচ্ছে, যাতে উত্তর প্রজন্ম সঠিক ইতিহাস জানতে পারে এবং পৃথিবীর কোথাও এ ধরনের গণহত্যা পুনরায় সংগঠিত না হয়।
বর্তমানে গণহত্যা-নির্যাতন ও আর্কাইভ জাদুঘরটি ২৬, সাউথ সেন্ট্রাল রোড, খুলনায় নিজস্ব জমিতে অবস্থিত। জাদুঘরের পিছনে রয়েছে একটি মুক্তমঞ্চ, এবং রয়েছে একটি ক্যাফেটারিয়া।
